En el año 1996 un grupo de estudiantes universitarios, de diferentes carreras y casas de estudio se nuclearon en torno al sociólogo y antropólogo Raúl Zapata Soto, frente a la crisis institucional del país y la precarización de las condiciones de vida de las mayorías. Toma el nombre de Instituto Alameda pues su punto de partida fue con las organizaciones sociales del distrito del Rímac.
En su proceso de consolidación inicia una intensa labor con organizaciones de adolescentes y jóvenes, convirtiéndose en un referente para impulsar políticas públicas de juventud, primero en los ámbitos locales y luego en el nacional, siendo parte del esfuerzo para la creación de una institucionalidad pública en materia de juventud.
En el desarrollo de su quehacer, los integrantes del Instituto Alameda, optaron por perfeccionarse en técnicas y métodos participativos orientadas a fortalecer y promover el empoderamiento de organizaciones sociales y económicas del campo popular como comedores populares y trabajadores autónomos de diverso tipo. A través de sus miembros el trabajo de Alameda se ha internacionalizado en campos como la defensa del medio ambiente, la lucha contra el racismo y la discriminación, la eliminación de la pobreza y las desigualdades, la importancia de atender los sistemas alimentarios y la recuperación de la identidad de los pueblos latinoamericanos a través de su comida y la promoción de la justicia fiscal.